Всё-таки разобрался.
Да, Apt действительно поддерживает параллельную загрузку.
Для этого
1. Создаём файлик /etc/apt/apt.conf.d/90download, к примеру, и записываем туда
Acquire::Queue-Mode "host";
2. Прописываем пару дополнительных зеркал в sources.list
И после этого можно обновляться. На старостабильном 1.0.9.8.4 стало скачивать по несколько файлов за раз.
Ссылка на мейллисты:
https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=690183#37
Цитата из мануала по apt.conf:
> Queue-mode
> Queuing mode. Queue-Mode can be one of host or access which determines how APT parallelizes outgoing connections. host means that one connection per target host will be opened, access means that one connection per URI type will be opened.