Решил написать сюда, чтобы не потерять.

Несколько лет пользуюсь gnus. И тут, после последнего обновления emacs, часть писем у меня стала отображаться в битой кодировке. В теле письма всё ок, стоит utf-8.

Я уже не помню, как именно удалось локализовать проблему (скорее всего просто трейсил и менял куски gnus на старый gnus из 26 emacs), но вот "волшебная строчка", которая помогла:

(setq nnheader-file-coding-system 'raw-text)